政府採購案之審查、作業程序係劃分為形式審查、資格審查、評選及決標等多個階段依序遞次進行。評選作業程序，是以前階段資格審查程序為基礎。
機關採最有利標決標者，依最有利標評選辦法第4條規定，須於投標文件記載「投標文件經審查合於招標文件規定者，始得為協商及評選之對象。」，也就是說，廠商必須經過招標機關於資格審查程序所為之「審標處分」認定資格符合招標文件規定者，始得列為評選對象，接續進行後階段評選作業程序，依評選結果決標予最有利標廠商。
相關規定可參：政府採購法第36條規定：「（第1項）機關辦理採購，得依實際需要，規定投標廠商之基本資格。（第2項）特殊或巨額之採購，須由具有相當經驗、實績、人力、財力、設備等之廠商始能擔任者，得另規定投標廠商之特定資格。……（第4項）第一項基本資格、第二項特定資格與特殊或巨額採購之範圍及認定標準，由主管機關定之。」；第52條第1項第3款規定：「機關辦理採購之決標，應依下列原則之一辦理，並應載明於招標文件中：……三、以合於招標文件規定之最有利標為得標廠商。」；第56條第1項、第4項規定：「決標依第五十二條第一項第三款規定辦理者，應依招標文件所規定之評審標準，就廠商投標標的之技術、品質、功能、商業條款或價格等項目，作序位或計數之綜合評選，評定最有利標。……。」、「最有利標之評選辦法，由主管機關定之。」
最高行政法院認為，招標機關就投標廠商所提資格文件審查結果作成之審標處分，廠商如有不服，應對該審標處分依法定程序請求救濟，尚不得於後階段評選程序，再爭執前階段資格審查程序已確定之審標處分，主張評選結果或決標處分有違法事由，請求撤銷決標處分（本院108年度判字第468號判決同此見解可資參照）。
然而，因為標案實務上，通常是由招標機關在開標日當場口頭宣布投標文件符合評選資格之廠商，參標廠商均不能閱覽其他參標廠商之投標資料，無法知悉機關審查廠商資格是否違反政府採購法或相關法令，甚至不知道可以針對「審標處分」（按：比較常見到廠商不服決標處分）提出異議，或應向哪一個機關提出異議，因而未能於10日內（政府採購法第75條第1項第3款）提出異議。此對於廠商救濟權益似有保障不周之處。
就此，機關可能抗辯「我投標須知都有寫開標日及受理廠商異議之機關名稱啊！」，然最高行政法院卻認為「系爭採購案投標須知第9點雖載明：『依採購法第75條，受理廠商異議之機關名稱……』、第23點：『本採購之開標時間：ＯＯＯ年Ｏ月ＯＯ日ＯＯ時。』因僅屬招標機關於投標前預先向不特定投標廠商說明開標時間及依政府採購法第75條受理廠商異議之機關名稱、地址及電話，並非於作成處分後向處分相對人或利害關係人說明救濟方法、期間及受理機關，自難執以認為相對人就審標處分已為救濟之教示。」（最高行政法院112年度抗字第27號裁定意旨參照）。
最高行政法院112年度大字第2號裁定已統一法律見解：如投標廠商有派員參加知悉資格標審查結果，而機關又未為救濟期間之教示，則縱使投標廠商未於10日內提出異議，仍得類推適用行政程序法第98條第3項規定，於知悉後1年內聲明不服。
廠商在收到評選結果的公文後，得知自己未獲選，常見不服之理由，白話來說是「為什麼得標的不是我？為什麼決標給他？」，進而針對「決標處分」提出異議。如果廠商在後續的採購申訴程序上，其請求撤銷之標的亦僅提及「原異議處理結果撤銷」，後續才在行政訴訟程序上追加程序標的，則很有可能被行政法院認為「原處分未經法定申訴程序」而以程序不合法為由裁定駁回。
因此，比較周全的做法是，在提出異議時，就審標、評選、決標各個階段之採購行為如何違反政府採購之相關法令，詳為敘明理由（按政府採購法第77條規定，申訴書應記載「申訴之事實及理由」，並未要求應記載申訴之「請求」）。蓋不同之採購申訴審議委員會，於申訴有理由時，其審議決定所撤銷之範圍並非一致。以行政院公共工程委員會採購申訴審議委員會為例，其於申訴有理由時，所撤銷者僅異議處理結果而不及於原處分。是以，尚難僅因廠商提出申訴時之申訴書記載其「請求」為「原異議處理結果撤銷」，即認為廠商只就異議處理結果提起申訴，而未對審標處分、決標處分提起申訴（最高行政法院110年度上字第178號判決見解參照）。
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